開業八年來，醫院年治療量從開業首年200余例，發展到目前超1,000例/年，單月完成治療出院的患者峰值超100例。截至2023年5月8日，已累計治療出院患者5,648例，年平均增長率達20%。其中，2021年、2022年連續兩年治療量均突破千例大關，超過國際同類粒子機構歷史最好水平。國際上較早開展質子重離子放療的日本同類機構，累計治療完成5,000例、年治療量接近1,000例分別用了19年和15年時間，上海市質子重離子醫院實現上述目標，分別用了6.5年和7.5年時間。

已完成治療出院的5,648例患者中，頭頸部腫瘤2,962例(包括鼻咽癌、顱底顱內腫瘤、咽喉及頸部腫瘤、鼻腔及鼻竇腫瘤等)，胸部腫瘤971例(包括肺癌、氣管腫瘤、食道癌、縱膈及胸腺腫瘤等)，腹盆腔和其他部位腫瘤1,715例(包括前列腺癌、乳腺癌、胰腺癌、肝膽腫瘤、腹盆腔及四肢腫瘤、大腸癌等)。

上海市質子重離子醫院將國內發病率靠前的鼻咽癌、顱內顱底腫瘤、肺癌、肝癌、前列腺癌5個病種作為臨床重點病種，將胰腺癌、乳腺癌作為臨床研究病種，上述7個病種的患者數占患者總數的四分之三。來自長三角地區患者占所有患者的55%，其中，上海患者30%、蘇浙皖患者25%。近兩年，接受粒子放療的上海患者中，超過70%的患者都參保了上海城市定制型商業補充醫療保險“滬惠保”(2021年7月1日生效)，醫院已協助300余位參保患者辦理了保險理賠手續，患者累計從保險公司獲賠3,500余萬元。

上海市質子重離子醫院通過加強臨床數據庫建設及對已完成治療患者的跟蹤隨訪，近期總結出重點病種粒子放療的5年生存率。經與國內外權威腫瘤學期刊上發布的臨床數據作比較分析，醫院采用重離子質子治療的臨床重點病種及臨床研究病種，無論是臨床療效還是毒副反應控制方面，均已比肩或超過日本、德國等國際同類機構先進水平。

上海市質子重離子醫院作為目前國際上采用質子重離子技術治療鼻咽癌最多的粒子中心，初治鼻咽癌患者的5年生存率數據明顯優于光子放療;應用單純重離子放療局部復發鼻咽癌，患者5年生存率較光子放療有顯著提升，最常見的并發癥鼻黏膜壞死發生率大幅降低。早期(I期)非小細胞肺癌采用單純重離子放療，5年生存率數據優于美國質子放療，略優于日本重離子放療;局部晚期(III期)非小細胞肺癌采用單純重離子放療，5年生存率數據優于美國質子放療，與日本重離子放療相當。局限期前列腺癌采用單純重離子放療，5年生存率數據與日本重離子放療相近。不能手術的肝細胞癌采用重離子放療，5年生存率數據與國內肝膽外科權威機構的手術療效相當。

上海市質子重離子醫院圍繞重點病種粒子技術攻關、提升重離子治療比例和減少治療總次數等臨床關鍵問題，重點加強包括生物樣本庫、省級重點實驗室、粒子放療工程技術研發中心在內的“一庫一室一中心”建設，持續加大前瞻性臨床研究及應用支持力度，加速研發創新成果轉化。

上海市質子重離子醫院已建成質子重離子放療患者生物樣本庫，累計存儲生物樣本超過10萬份，為醫院掌握粒基礎與臨床研究，開展大隊列精準腫瘤放射治療、放射生物和放射免疫學效應研究積累了資源。與復旦大學附屬腫瘤醫院聯合建設的“上海市放射腫瘤學重點實驗室”，融合了兩院優秀人才資源和優勢研究資源，覆蓋了國內近100%的質子重離子患者和本市30%的光子放療患者。“上海質子重離子放療工程技術研究中心”重點推進粒子技術創新研發與轉化應用，自主研發了旋轉治療床、等中心旋轉治療椅、粒子束流施加器、眼球定位追蹤設備等粒子輔助治療設施，并借此開展了近十項臨床實踐。

八年來，醫院恪守質量與安全底線，推進粒子放療技術標準化、規范化應用，重點病種療效、臨床診療效率躋身并保持國際同類機構先進水平。