《衛報》發表報道，對澳大利亞計劃建造的核潛艇艦隊產生的核廢料處理問題表達擔憂，認為這可能在未來成為嚴重問題，因為根據協議，澳大利亞對潛艇退役時產生的廢物負全部責任。

依據AUKUS協議，澳大利亞將接收約八艘以高濃縮鈾為燃料的核動力潛艇，此舉旨在讓潛艇在計劃使用壽命內無需補充燃料、延長服役時間。然而，這種鈾通常被視為“軍用級”，理論上可用于生產核彈頭。

關于廢料數量，澳大利亞政府通過信息自由法發布的文件顯示，每個反應堆艙室及其組件“大約相當于一輛四輪驅動車的大小”，通常被歸類為中放射性廢料，雖危險但更易屏蔽和儲存;乏核燃料“大約相當于一輛小型掀背車的大小”，往往包含高放射性廢料，其放射性會在數十萬年內保持穩定，但具體數量處于官方保密狀態。

這類燃料產生的廢料具有高放射性，退役后會殘留數千年，被稱為高放射性廢料(HLW)，需要安全可靠的儲存，以保護環境和防止潛在盜竊及用于核武器。相比之下，核電設施產生的絕大多數廢物是低放廢物(LLW)或中放廢物(ILW)，包括土壤、碎石、廢金屬等，通常可輕松處理和儲存，只需裝在裝滿水泥的特殊桶或箱子中，安全存放在地面即可。而真正令人擔憂的高放射性廢料體積小，卻會產生大量熱量和輻射，需主動冷卻和屏蔽數十年甚至永久。

根據條約，澳大利亞必須承擔核廢料的儲存、安全和最終處置責任，且不能出口這些廢物。批評者指出，在環境風險和該國政治周期時間框架方面存在嚴重不匹配，政治決策周期為4 - 5年，而核廢料危害會持續數十萬年，這是在“把問題推給子孫后代”。此外，任何有關核廢料的討論都帶有強烈政治色彩，由于公眾和原住民反對，澳大利亞已多次未能建立低放射性廢料處理設施。

目前，AUKUS的廢物處理地點尚未確定，成本也未核算，政府未來規劃模糊。并且，英國和美國等其他國家也尚未真正找到解決其現有和退役核動力海軍資產問題的永久方案。