同時，山東省腫瘤醫院質子中心二期工程中的重離子、中子項目正在快速推進中，目前已經開工建設。

質子中心位于濟南國際醫學科學中心核心區，占地面積約90畝，共投資約13.4億元。包括1幢21層醫療綜合樓、1幢質子維護樓，總建筑面積88,350平方米。將設置病床300張，配備ProBeam®質子治療系統、ARIA®信息管理系統和Eclipse™治療計劃軟件，包括三間360°旋轉機架的治療室、一間固定束研究室。

2018年7月，質子中心項目動工建設;2019年10月，獲國家衛健委甲類大型醫用設備配置許可;12月，項目醫療綜合樓封頂;2020年8月，質子治療區主體封頂;12月，醫療綜合樓完工;2021年3月，舉行超導回旋加速器吊裝儀式;2022年4月，質子臨床研究中心正式啟用;5月，生態環境部輻射源安全監管司組織專家組對質子治療系統項目開展輻射安全許可證發證前檢查;7月6日，山東省腫瘤醫院質子中心質子設備經國家生態環境部審批，獲得輻射安全許可證;7月13日，質子治療系統啟動臨床試驗;2023年4月，完成47例臨床試驗。