1、有機質(zhì)譜儀：
由于應(yīng)用特點不同又分為：
(1)氣相色譜-質(zhì)譜聯(lián)用儀(GC-MS)
在這類儀器中，由于質(zhì)譜儀質(zhì)譜儀工作原理不同，又有氣相色譜-四極質(zhì)譜儀、氣相色譜-飛行時間質(zhì)譜儀、氣相色譜-離子阱質(zhì)譜儀等。
(2)液相色譜-質(zhì)譜聯(lián)用儀(LC-MS)
同樣，有液相色譜-四器極質(zhì)譜儀、液相色譜-離子阱質(zhì)譜儀、液相色譜-飛行時間質(zhì)譜儀，以及各種各樣的液相色譜-質(zhì)譜-質(zhì)譜聯(lián)用儀。
(3)其他有機質(zhì)譜儀，主要有：基質(zhì)輔助激光解吸飛行時間質(zhì)譜儀(MALDI-TOFMS)、傅里葉變換質(zhì)譜儀(FT-MS)。
2、無機質(zhì)譜儀：
包括：火花源雙聚焦質(zhì)譜儀(SSMS)、感應(yīng)耦合等離子體質(zhì)譜儀(ICP-MS)、二次離子質(zhì)譜儀(SIMS)等。
3、同位素質(zhì)譜儀：
包括：進行輕元素(H、C、S)同位素分析的小型低分辨率同位素質(zhì)譜儀和進行重元素(U、Pu、Pb)同位素分析的具有較高分辨率的大型同位素質(zhì)譜儀。
4、氣體分析質(zhì)譜儀：
主要有：呼氣質(zhì)譜儀、氦質(zhì)譜檢漏儀等。
除以上分類外，還可以從質(zhì)譜儀所用的質(zhì)量分析器的不同，將質(zhì)譜儀分為雙聚焦質(zhì)譜儀、四極桿質(zhì)譜儀、飛行時間質(zhì)譜儀、離子阱質(zhì)譜儀、傅里葉變換質(zhì)譜儀等。
