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X射線衍射研究:美洲駝的小抗體可能是對抗COVID-19的高效武器

2021-03-15 14:33          X射線衍射 COVID-19 核分析技術

隨著抗擊COVID-19的戰斗繼續進行,科學家們轉向了一種不太可能有效的治療方法:大羊駝自然產生的微小抗體。

雖然世界各國研制出了多種新冠肺炎疫苗,但為感染病毒者尋找有效治療方法的工作仍在繼續。現在,科學家們正在尋找一個看似不太可能的來源:南美美洲駝。

研究人員正在使用先進光子源(Advanced Photon Source, APS)的超亮x射線,幫助將自然產生的羊駝抗體轉化為可能有效的抗SARS-CoV-2病毒的療法。SARS-CoV-2是導致COVID-19的病毒。APS是美國能源部位于阿貢國家實驗室的科學用戶設施。抗體是免疫系統抵御感染的天然屏障,當從血液中提取抗體時,可以用來設計治療方法和疫苗。

“大羊駝自然地高產出這些納米體,它們可以裝入蛋白質表面的口袋里,而這些口袋是大型抗體無法進入的。”

——杰森·麥克萊倫,德克薩斯大學奧斯汀分校

APS結構生物學中心主任、傳染病結構基因組學中心聯席主任安德雷·約阿希米亞克(Andrzej Joachimiak)表示:“我們已經收到了50多種帶有SARS-CoV-2幾種蛋白質的羊駝抗體。”(APS的研究人員不使用活病毒,而是使用由模擬蛋白質生長的晶體。)這些抗體是與幾個合作伙伴的持久合作的一部分,包括國立衛生研究院(NIH)的研究人員和國家研究所的關節炎和肌肉骨骼和皮膚疾病(NIAMS) Joachimiak說,將分析利用APS看看他們抗擊病毒的傳染性。

科學家們轉而研究大羊駝似乎有些令人驚訝,但這是有原因的。

大羊駝屬于駱駝類哺乳動物的一種,也包括駱駝和羊駝。多虧了大自然的神奇之處,駱駝產生了一種獨特的抗體來抵抗疾病。這些抗體通常被稱為納米體,大約是人類產生的抗體的一半大小。它們也非常穩定,很容易被科學家操縱。

這種基因變異導致駱駝類,比如大羊駝,產生這種帶有單鏈蛋白的小抗體,是比利時科學家在20世紀80年代晚期偶然發現的。從那時起,科學家們就開始利用駱駝的納米體創造治療多種疾病的方法,并取得了巨大的成功。它們的小尺寸使它們能夠與大抗體無法進入的病毒蛋白質區域結合,阻止這些蛋白質與細胞連接。

德克薩斯大學奧斯汀分校(University of Texas at Austin)副教授杰森·麥克萊倫(Jason McLellan)說:“大羊駝自然地產生這些高產量的納米體,它們可以裝入蛋白質表面的口袋中,而大尺寸的抗體無法進入這些口袋。”

麥克萊倫有多年研究駱駝形納米體的經驗。他和他的研究生Daniel Wrapp,以及比利時的Xavier Saelens團隊,已經分離出納米體,這些納米體已被證明對呼吸道合胞病毒(RSV)和兩種冠狀病毒(嚴重急性呼吸綜合征(SARS)和中東呼吸綜合征(MERS)有效。

當SARS-CoV-2的基因序列于2020年1月公布時,McLellan、Wrapp和Saelens迅速測試了他們之前分離出的針對原始SARS-CoV的抗體(取自一只名為Winter的比利時羊駝)是否也能結合和中和SARS-CoV-2。他們發現其中一個納米體可能對SARS-CoV-2有效,他們在APS上使用SBC光束對其進行了表征。麥克萊倫表示,這種名為VHH72的納米體目前正在研發中,用于治療COVID-19。他和Wrapp因此項研究獲得了2020年的金鵝獎。

麥克萊倫會告訴你,雖然他的成績不錯,但他的希望要高一些。

“我們在尋找一種能中和所有冠狀病毒的有效抗體,”他說。“我們給溫特接種了疫苗,希望能誘導出那個納米體。也許我們誘發了它,但我們沒有孤立它。”

分離這些微小的納米體是很困難的,因為人體會產生大量的納米體,只有一小部分用于對抗特定的病毒。這正是匹茲堡大學細胞生物學教授易石正在試圖解決的問題。

在《科學》雜志上發表的一篇論文中,Shi和他的同事們公布了一種新的高級質譜分析方法,可以分析美洲駝血液樣本中的納米體。史教授和他的研究助理(這篇論文的第一作者)向宇飛表示,其結果是大量納米體能夠很好地與SARS-CoV-2病毒結合。

“這比目前的技術好幾千倍,特別是在選擇性能方面,”史說。“我們想要能與SARS-CoV-2緊密結合的納米體,通過這種方法,我們可以獲得藥效高達1萬倍的高質量納米體。”

和麥克萊倫的研究一樣,施的實驗是從一只美洲駝開始的,這只羊駝名叫沃利,因為它和他的黑色拉布拉多很像(因此也有一個共同的名字)。研究小組給Wally注射了抗SARS-CoV-2病毒的疫苗,等待了兩個月的納米體生成,然后Xiang用他們的新方法分析納米體,識別并量化它們。他們最終得到了1000萬個納米體序列。

這些納米體可以在室溫下放置6周,而且體積小到可以霧化,這意味著利用它們設計的治療方法可以直接吸入肺部,而不是通過血液流動。為了證實納米體的有效性,匹茲堡大學助理教授Cheng Zhang在美國國立普通醫學科學研究所和國立癌癥研究所結構生物學設施(GM/CA)上確定了納米體與SARS-CoV-2病毒結合的結構。

“通過這種方法,我們可以發現數千個不同的、超高親和力的納米體,用于特定的抗原結合,”Shi說。“這些納米體可能會也可能不會為COVID-19提供治療,但用于分離它們的技術在未來將非常重要。”

最近,由德國波恩大學(University of Bonn)領導的一個科學家團隊報告了新發現的納米體,可與SARS-CoV-2結合,并可能阻止所謂的“突變逃逸”。這是病毒通過變異來避免免疫反應的能力,一種阻止病毒變異的治療方法可以防止再次感染。

該研究小組將幾個納米體組合成可以同時攻擊病毒不同部分的分子,幫助防止病毒突變降低治療效果。這些納米體取自一只羊駝和一只羊駝,它們對SARS-CoV-2病毒免疫,在幾百萬個候選分子中,它們最終得到了四種被證明有效的分子。

加州斯克里普斯研究所的結構生物學教授伊恩·威爾遜(Ian Wilson)領導的團隊在APS的GM/CA進行了x射線衍射研究,以確定這些與病毒結合的分子的結構。

Wilson說:“根據APS和斯坦福同步輻射光源(SSRL)收集的數據確定的晶體結構,我們能夠識別納米體在SARS-CoV-2受體結合域上的結合位點。”“x射線結構信息,結合低溫電子顯微鏡數據,被用于幫助設計更有效的多價抗體,以預防COVID-19感染。x射線結構的工作因立即獲得APS而大大便利。”

只有時間(和進一步的測試)才能證明各種納米體能否轉化為對抗COVID-19的有效療法。但如果他們這么做了,我們就要感謝可愛的美洲駝了。

先進光子源是美國能源部(DOE)科學辦公室的用戶設施,由阿貢國家實驗室為能源部科學辦公室運營。APS用于COVID-19研究的光束線的額外資金由美國國立衛生研究院(NIH)和美國能源部科學、生物和環境研究辦公室提供。APS運營了10%比平時更多的時間在2020年支持COVID-19研究,有額外的時間由美國能源部科學辦公室通過國家虛擬生物實驗室,一個財團的DOE國家實驗室專注于應對COVID-19資金提供的冠狀病毒關心行為。

關于先進光子源

位于阿貢國家實驗室的美國能源部科學辦公室的先進光子源(APS)是世界上最多產的x射線光源設施之一。APS為材料科學、化學、凝聚態物理、生命和環境科學以及應用研究等領域的研究人員提供高亮度x射線束。這些x射線非常適合探索材料和生物結構;元素分布;化學態、磁態、電子態;以及從電池到噴油器噴射器等一系列技術上重要的工程系統,所有這些都是我們國家經濟、技術和身體健康的基礎。每年,超過5000名研究人員使用APS出版超過2000份出版物,詳細介紹了有影響力的發現,并解決了比任何其他x射線光源研究設施的用戶更重要的生物蛋白結構。APS科學家和工程師創新技術,這是推進加速器和光源操作的核心。這包括插入設備產生格外明亮的x射線珍貴的研究人員,鏡頭聚焦x射線到幾納米,儀器能最大化的x射線與被研究樣本,和軟件,收集和管理大規模數量的發現研究APS產生的數據。

這項研究使用了先進光子源的資源,這是美國能源部科學辦公室的一個用戶設施,由阿貢國家實驗室根據合同編號為。DE-AC02-06CH11357。

阿貢國家實驗室尋求解決緊迫的國家科學和技術問題。阿貢是美國第一個國家實驗室,在幾乎每一個科學學科中都進行前沿的基礎和應用科學研究。阿貢的研究人員與來自數百家公司、大學、聯邦、州和市政機構的研究人員密切合作,幫助他們解決具體問題,提升美國的科學領導力,為國家的美好未來做好準備。Argonne的員工來自60多個國家,由芝加哥大學Argonne有限責任公司為美國能源部的科學辦公室管理。

美國能源部科學辦公室是美國物理科學基礎研究最大的單一支持者,并致力于解決我們這個時代一些最緊迫的挑戰。欲了解更多信息,請訪問https://energy.gov/science。



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