《方案》提出，在省級、州市級以及縣級層面實施改建、擴建和新建傳染病醫院，對距離州、市主城區較遠的98個縣、市、區人民醫院感染性疾病科進行規范和提升。堅持“平戰結合、重在應急、統一管理”的原則，計劃投資54.1億元，總投資超過65億元。其中，基本建設37.25億元，設備配置6.21億元，負壓病房及重癥監護病房建設10.64億元。

在設備配置方面，以基本滿足重大傳染性疾病診治為原則進行配備，主要設備有計算機X射線斷層攝影機(CT)、直接數字化X射線攝影機(DR)、呼吸機、全自動生化儀、結核檢測設備等。

《方案》還要求各地要加快項目審批進度，落實項目用地，確保項目盡快落地;要加強人才隊伍和學科建設，大力培養、引進專業技術人才，提前儲備人才;要建立健全運行機制，強化綜合醫院的帶動作用，確保傳染病醫院(院區)和感染性疾病科可持續發展。