長期以來，中國科學院的研究所大多實行課題負責人制(PI制)，PI制有其優點，但是，對于中國科學院高能物理研究所(以下簡稱高能所)來說，PI制在適應大科學研究模式時會出現很多問題。

高能所是中國科學院承擔大科學裝置相關任務較多的研究所，目前在建和建成運行的大科學裝置有十幾項。曾經，高能所采取的也是PI制管理方式，但隨著大科學裝置項目增多，研究所出現了難以同時完成多個大項目，難以調動課題組參與建制化基礎研究和大科學裝置建設的問題。

因此，從十多年前，高能所就開始嘗試打破PI制，將課題組轉變為行政組，再根據大科學裝置項目任務從行政組抽調人員組成臨時項目組，項目結束后項目組解散。

我們將這種科研組織模式稱為“矩陣式管理”，它包括一橫一縱，橫向是行政體系，按照專業領域將研究人員劃入不同的研究室和行政組;縱向是項目體系，根據不同項目任務組成項目組，包含項目指揮部、分總體、系統和分系統等具體單元。

矩陣式管理不僅為大科學裝置的建設、研究和管理打開了通道，也有助于科研人員個人的學術發展。由于行政組依據專業來劃分，因此，物理研究、探測器研制還是機械、控制等各領域的專業人員，都可以與同行討論學術和業務問題，使個人專業能力得到提升。

這種管理方式與國際上相關大型國家實驗室的管理體制非常相近，但它也存在一個隱患，即可能出現“大鍋飯”“養懶人”的問題，因此我們配套了嚴格的考核體系。

高能所的考核體系以機構發展戰略為核心，以提升研究機構競爭優勢、保障可持續發展為目標，堅持定性與定量相結合、用人部門考核與所級考核相結合、部門考核與個人考核相結合的原則，在人員分類管理的基礎上，實行分類考核;考核方式、指標與程序公開公平公正、簡潔易行;考核結果直接與獎懲掛鉤，保證激勵的有效性。

比方說，為實現這種定性定量相結合的考核，我們組織評委會，不設前提，沒有定式，被考核人以自己認為最合適、最能顯示自己水平和成績的方式，報告自己的工作內容、成績、進展或是思路、過程，由專家評委們評判其成果、水平、價值、前途及意義，任何個人都不能干預評委會的評價結果。

總的來說，高能所現行管理制度包括兩大塊，一是矩陣式管理制度，二是考核評價制度。這套制度從開始試行到可以順暢執行，我們大概摸索了五年左右。

目前，高能所已經實現了建制化的科研組織模式，全所一盤棋，無論是面對幾百人的大項目，還是幾十人的小項目，組織起來都可以游刃有余。